杭州佛学院的前身是由若瓢法师于1946年创立的武林佛学院，院址设于灵峰寺。学院自创办以来，先后有会觉、巨赞、演培、妙钦、仁俊、续明、方兴、印顺、照喜、月池等高僧大德前来学校执教和学习。后由于时局混乱，经费匮乏，武林佛学院于1948年年底停办。

　　1998年，经光泉法师提议，杭州市佛教协会在中天竺法净禅寺成立“杭州佛教僧伽进修班”。2001年，启用“杭州佛学院（筹）”。2006年，获国家宗教局批准，成为国内唯一一所“以佛教艺术教育为特色”的综合性佛教院校。2010年，法云新校区落成，成立佛教艺术院。2013年，在法镜寺成立女众部外语院。2019年，佛教艺术院音乐专业成立。

　　杭州佛学院自成立以来，秉承武林佛学院的优良办学传统，坚持佛教中国化的办学方向，以“学修一体化，生活丛林化”为办学宗旨，以“学修为根本，学术为核心，艺术为特色”为办学理念，以“谨僧格、勤学问、正思维、笃行持”为院训，致力于培养爱国爱教、学修并重，具有高度历史使命感和社会责任感的佛教僧才。

　　杭州佛学院非常重视学术研究工作，2004年成立佛学研究所，先后多次举办唯识、因明、吴越佛教、佛典语言文字等大型学术研讨会。二十多年来，杭州佛学院学术研究成果丰硕，先后出版了100余部学术专著，其中《巴利佛典译从》《吴越佛教》《因明》《唯识研究》《世亲唯识学的根本性研究》《唯识要论》《瑜伽论研究》的出版发行，极大的推动了学院的学术研究水平，繁荣了学院的文化建设。

　　杭州佛学院现有三个校区，中天竺校区坐落于环境优美的法净寺，三天竺校区坐落于法镜寺，法云校区坐落于法云古村。其中法云校区四面环山，风景秀丽。2010年一期工程完成，并投入使用。法云校区用地面积约170余亩，建筑面积1万多平米，整体设计为“卍”字形，表徵佛陀以无上的智慧与慈悲，利益有情，成就众生。